Segundo o biógrafo, São Hipácio nasceu em Frigia, tendo sido educado por seu pai que pretendia que seu filho seguisse os seus passos. No entanto, Hipácio sempre se mostrou inclinado para a vida religiosa. Com dezoito anos de idade, fugiu de casa indo para a Trácia. Lá trabalhou como pastor de ovelhas, Hipácio juntou-se a um solitário ex-soldado chamado Jonas, com quem viveu entregue a oração e a penitência .
Mais tarde, Jonas e Hipácio se transferiram para Constantinopla, onde Jonas passou a viver. Hipácio atravessou mais uma vez o Estreito, em direção a Ásia Menor e, instalado nas ruínas do monastério de Rufino, empreendeu uma missão para fazer reviver a prática da religião.
Lá ele chegou a dirigir uma grande comunidade de monges, tendo sido um grande defensor da ortodoxia. Ainda antes que os erros de Nestório fossem condenados pela Igreja o abade ordenou que o nome daquele hierarca fosse apagado dos livros oficiais de sua igreja, Santo Hipácio, conhecido como «o estudioso de Cristo», ficou conhecido e famoso por seus milagres e profecias. Morreu, segundo consta, em meados do V século, com a idade de oitenta anos.